Čárka se používá k oddělení klausí a k oddělení členů koordinace nebo aposice. S výjimkou případu, kdy čárka zastupuje hlavní uzel koordinace či aposice, je její funkce vždy AuxX (nebo ExD). Pokud zastupuje hlavní uzel koordinace, dostává afun Coord (viz též kap. 3.5.1). Zastupuje-li hlavní uzel aposice, dostává afun Apos (viz též kap. 3.5.2). Závislost čárky (směrem k jejímu řídícímu uzlu) je podobně jako u ostatní interpunkce technická, nikoli gramatická.

1. Čárka oddělující vedlejší větu se věší na (technicky) řídící uzel vedlejší věty, což je buď spojka s funkcí AuxC v případě vedlejších vět spojkových nebo jiný řídící uzel vedlejší věty (obvykle přísudek u vedl. vět vztažných) s příslušnou funkcí; je-li přísudek elidován nebo chybí spojka, věší se na nejblíže nadřízený uzel a dostane funkci ExD (viz kap. 3.4.1). Pokud je vedlejší věta vložená a obě její oddělující čárky jsou ve větě přítomny, věší se obě na tentýž uzel.

2. Odděluje-li čárka parentesi, věší se na (technicky) řídící uzel parentese. Je-li (gramaticky) řídícím členem parentese uzel s hodnotou funkce ExD-Pa, pak se čárka (nebo obě čárky, pokud je parentese vložena uprostřed věty) věší na nejbližší vyšší uzel a dostane funkci ExD (pozor, nikoliv ExD-Pa). To se týká i jakékoli jiné interpunkce oddělující parentesi (z jedné strany nebo z obou stran).

3. Čárky oddělující věty či členy spojené souřadně (tedy jde o koordinaci) se věší na příslušnou koordinační spojku či jinak vybraný koordinační uzel s afun Coord (ale, a, neboť, proto apod.). Někdy se ale může stát, že i pro zavedení tohoto koordinačního uzlu jsme nuceni využít čárku. Bude to čárka, která bude poslední v řadě a bude tedy označena Coord. Ostatní oddělovací čárky s funkcí AuxX se zavěsí na ni. Podrobně se o koordinaci praví v kap. 3.5.1.

4. Dojde-li ke kombinaci více jevů, stává se, že některá čárka ve větě chybí. Přesněji řečeno jedna čárka plní více funkcí najednou a přitom se vyskytuje pouze jako jediný uzel. Při rozhodování, kterou z jejích funkcí ve stromě zachytíme, věšíme takovou čárku 'co nejvýše'. Vyskytne-li se souběh čárky hlavní koordinační s funkcí Coord a jiné čárky (s funkcí AuxX nebo ExD) přirozeně tak má přednost funkce koordinační. Při souběhu koordinační čárky s funkcí AuxX a jiné čárky ji zavěsíme na ve stromě nejvýše položený uzel, na kterém by mohla viset. Dochází-li k souběhu čárek na téže úrovni stromu (např. při souběhu čárky uzavírající vedl. větu s čárkou otevírající nebo koordinační) provede se zavěšení podle těchto priorit: